避難所がペットとの同行避難を受入れる場合、飼い主が飼育管理をして、ペットによるトラブルが発生しないように努めて、避難所の運営側も支援します。
しかし避難所が小さかったり部屋数が少ない場合、ペットの為に避難者を追出す訳にはいかないので、ペットの受入れができない場合もあります。
ペットの受入れをする場合、避難所の形態や気候やペットの数などを考慮し、どこで飼育するかや、ペットを飼育していない避難者と、導線(移動ルート)が交わらないようにする配慮も必要です。
またペットは違う動物と一緒という事が、ストレスになる場合もあるので、動物ごとに区分して飼育すると良いです。

ペットによるトラブルの主な原因は、鳴き声·臭い·毛の飛散·糞の放置なので、飼い主の皆さんで協力し、飼育スペースの衛生管理を徹底して、ペットを飼育していない避難者と、険悪な避難所生活にならないようにします。
ペットの受入れができない避難所だったり、飼い主が迷惑になるからと避難所に入らず、ペットと車中避難する場合も考えられます。
車中避難では人がエコノミークラス症候群になったり、夏に人やペットが熱中症になる危険性があり、十分な注意が必要です。